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Dali: mol1, L-*ARABINOSE-BINDING PROTEIN (MUTANT WITH MET 108 REPLACED

Query: mol1

L-*ARABINOSE-BINDING PROTEIN (MUTANT WITH MET 108 REPLACED

Select neighbours (check boxes) for viewing as multiple structural alignment or 3D superimposition. The list of neighbours is sorted by Z-score. Similarities with a Z-score lower than 2 are spurious. Each neighbour has links to pairwise structural alignment with the query structure, and to the PDB format coordinate file where the neighbour is superimposed onto the query structure.

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Summary

    No:  Chain   Z    rmsd lali nres  %id PDB  Description
   1:  mol2   13.3  6.0  247   346   12 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       
   2:  mol2    7.1  7.9  139   346    7 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       
   3:  mol2    6.1  3.3  118   346   14 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       
   4:  mol2    3.3  4.5  106   346    8 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       
   5:  mol2    2.7  3.2   86   346    6 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       
   6:  mol2    0.4  2.6   50   346    8 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)                                       


Pairwise Structural Alignments

Notation: three-state secondary structure definitions by DSSP (reduced to H=helix, E=sheet, L=coil) are shown above the amino acid sequence. Structurally equivalent residues are in uppercase, structurally non-equivalent residues (e.g. in loops) are in lowercase. Amino acid identities are marked by vertical bars.

No 1: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=13.3

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DSSP  -LEEEEEEEL----LLLLhhHHHHHHHHHHHHHHHL---------EEEEEEELL-LHHHH
Query -NLKLGFLVK----QPEEpwFQTEWKFADKAGKDLG---------FEVIKIAVP-DGEKT   45
ident    |                   |   |  | ||                     |    
Sbjct dDIKVAVVGAmsgpIAQW--GIMEFNGAEQAIKDINakggikgdkLVGVEYDDAcDPKQA   58
DSSP  lEEEEEEEELllllLHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHhllllllleEEEEEEELLlLHHHH


DSSP  HHHHHHHHHLLLLEEEE-ELLLhhHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLlllllLLLL---
Query LNAIDSLAASGAKGFVI-CTPDpkLGSAIVAKARGYDMKVIAVDDQFVnakgkPMDT---  101
ident           | |                           |                   
Sbjct VAVANKIVNDGIKYVIGhLCSS--STQPASDIYEDEGILMISPGATAP-----ELTQrgy  111
DSSP  HHHHHHHHLLLLLEEEElLLHH--HHHHHHHHHHHLLLEEEELLLLLL-----LLLLlll


DSSP  --LLEEEELHHHHHHHHHHHHHHHHHhhlllhhhEEEEEEELLllHHHHHHHHHHHHHHH
Query --VPLVMLAATKIGERQGQELYKEMQkrgwdvkeSAVMAITANelDTARRRTTGSMDALK  159
ident              |                         |                | ||
Sbjct qhIMRTAGLDSSQGPTAAKYILETVK-------pQRIAIIHDK-qQYGEGLARSVQDGLK  163
DSSP  llEEELLLLHHHHHHHHHHHHHHLLL-------lLLEEEEELL-lHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHLLLhhHEEEEELLLllhhhhhhhHHHHHLL-LLLLlEEEEELL-lhhhhhHHHHHHHH
Query AAGFPekQIYQVPTKSndipgafdaANSMLVQ-HPEVkHWLIVGM-ndstvlGGVRATEG  217
ident ||                                 |                   |    
Sbjct AANAN--VVFFDGITA-----gekdFSALIARlKKEN-IDFVYYGgyypemgQMLRQARS  215
DSSP  LLLLL--EEEEEELLL-----llllLHHHHHHhHHLL-LLEEEEEllhhhhhHHHHHHHH


DSSP  LLLlhhHEEEEEELlhhHHHHHLL---llLLLEeEEEEL---------------------
Query QGFkaaDIIGIGINgvdAVSELSK---aqATGFyGSLLP---------------------  253
ident  |         |         ||      | |      |                     
Sbjct VGL---KTQFMGPE-gvGNASLSNiagdaAEGM-LVTMPkrydqdpanqgivdalkadkk  270
DSSP  LLL---LLEEEELH-hhLLLHHHHhhhhhHLLL-EEEELllhhhlhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ----LHHHHHHHHHHHHHHHHHHL---------LLLL----------------LEEEELL
Query ----SPDVHGYKSSEMLYNWVAKD---------VEPP----------------KFTEVTD  284
ident           |     |                                          |
Sbjct dpsgPYVWITYAAVQSLATALERTgsdeplalvKDLKangantvigplnwdekGDLKGFD  330
DSSP  llllHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHllllhhhhhHHHHhlleeelleeeeelllLLEELLL


DSSP  LEEEE-----LLLHhhhhhhllllll
Query VVLIT-----RDNFkeelekkglggk  305
ident                           
Sbjct FGVFQwhadgSSTK----------ak  346
DSSP  LEEEEellllLEEE----------ll


No 2: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=7.1

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DSSP  ------------------------------------------------------------
Query ------------------------------------------------------------    0
ident                                                             
Sbjct ddikvavvgamsgpiaqwgimefngaeqaikdinakggikgdklvgveyddacdpkqava   60
DSSP  leeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeellllhhhhhh


DSSP  ------------------------------------------------------------
Query ------------------------------------------------------------    0
ident                                                             
Sbjct vankivndgikyvighlcssstqpasdiyedegilmispgatapeltqrgyqhimrtagl  120
DSSP  hhhhhhllllleeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeellllllllllllllleeellll


DSSP  -----------------lEEEEEEELLLllHHHHHHHHHHHHHHHHHLEEE-EEEELL--
Query -----------------nLKLGFLVKQPeePWFQTEWKFADKAGKDLGFEV-IKIAVP--   40
ident                                             |     |         
Sbjct dssqgptaakyiletvkpQRIAIIHDKQ--QYGEGLARSVQDGLKAANANVvFFDGITag  178
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhllllLLEEEEELLL--HHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEeEEEELLll


DSSP  LHHHhHHHHHHHHHLLLLEEEEELllHHHHHHHHHHHH--HLLLEEEEELLL---lLLLL
Query DGEKtLNAIDSLAASGAKGFVICTpdPKLGSAIVAKAR--GYDMKVIAVDDQ---fVNAK   95
ident         |  |                        ||  |                   
Sbjct EKDF-SALIARLKKENIDFVYYGG-yYPEMGQMLRQARsvGLKTQFMGPEGVgnasLSNI  236
DSSP  LLLL-HHHHHHHHHLLLLEEEEEL-lHHHHHHHHHHHHhlLLLLEEEELHHHlllhHHHH


DSSP  -lllLLLLLEEEElhhhhhhhHHHHHHhhhhhhlllhhheeeeeeellllhhhhhhhhhh
Query -gkpMDTVPLVMLaatkigerQGQELYkemqkrgwdvkesavmaitaneldtarrrttgs  154
ident            |         |                                      
Sbjct agdaAEGMLVTMP----krydQDPANQ---------------------------------  259
DSSP  hhhhHLLLEEEEL----llhhHLHHHH---------------------------------


DSSP  hhhhhhhllLHHHEeeeelllllhhhhhhhhhhhhllllllleeeeelLLHHHHHHHHHH
Query mdalkaagfPEKQIyqvptksndipgafdaansmlvqhpevkhwlivgMNDSTVLGGVRA  214
ident                                                             
Sbjct ---givdalKADKK--------------------------------dpSGPYVWITYAAV  284
DSSP  ---hhhhhhHHLLL--------------------------------llLLHHHHHHHHHH


DSSP  HHHLLL------------------lhhHEEEeeellhhhhhhhLLLLLlleeeeeellhh
Query TEGQGF------------------kaaDIIGigingvdavselSKAQAtgfygsllpspd  256
ident                                             |               
Sbjct QSLATAlertgsdeplalvkdlkangaNTVI------gplnwdEKGDL------------  326
DSSP  HHHLLLlhhhllllhhhhhhhhhhlleEELL------eeeeelLLLLE------------


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllLLLEeeellleeeelllhhhhhhhllllll
Query vhgykssemlynwvakdvePPKFtevtdvvlitrdnfkeelekkglggk  305
ident                                                  
Sbjct -------------kgfdfgVFQW----------------hadgsstkak  346
DSSP  -------------elllleEEEE----------------llllleeell


No 3: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=6.1

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DSSP  leeeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllee
Query nlklgflvkqpeepwfqtewkfadkagkdlgfevikiavpdgektlnaidslaasgakgf   60
ident                                                             
Sbjct ------------------------------------------------------------    0
DSSP  ------------------------------------------------------------


DSSP  eeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllleeeelhhhhhhhhhhhh
Query victpdpklgsaivakargydmkviavddqfvnakgkpmdtvplvmlaatkigerqgqel  120
ident                                                             
Sbjct ------------------------------------------------------------    0
DSSP  ------------------------------------------------------------


DSSP  hhhhhhhlllhHHEEEEEEELLL---LHHHHHHHHHHHHHHHHHL------llhHHEEEE
Query ykemqkrgwdvKESAVMAITANE---LDTARRRTTGSMDALKAAG------fpeKQIYQV  171
ident                |    |              |   | |                  
Sbjct -----------DDIKVAVVGAMSgpiAQWGIMEFNGAEQAIKDINakggikgdkLVGVEY   49
DSSP  -----------LEEEEEEEELLLlllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhllllllleEEEEEE


DSSP  ELlLLLHHHHHHHHHHHHLLLllllEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHLLLlhhhEEEEEEL
Query PTkSNDIPGAFDAANSMLVQHpevkHWLIVGMNDSTVLGGVRATEGQGFkaadIIGIGIN  231
ident      |   |   ||             |     |         |  |            
Sbjct DD-ACDPKQAVAVANKIVNDG---iKYVIGHLCSSSTQPASDIYEDEGI----LMISPGA  101
DSSP  EL-LLLHHHHHHHHHHHHLLL---lLEEEELLLHHHHHHHHHHHHHLLL----EEEELLL


DSSP  lhHHHHHHLLlLLLLEEEEEE---------------------------------------
Query gvDAVSELSKaQATGFYGSLL---------------------------------------  252
ident    |                                                        
Sbjct --TAPELTQR-GYQHIMRTAGldssqgptaakyiletvkpqriaiihdkqqygeglarsv  158
DSSP  --LLLLLLLL-LLLLEEELLLlhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhh


DSSP  ------------------------------------------------------------
Query ------------------------------------------------------------  252
ident                                                             
Sbjct qdglkaananvvffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvgl  218
DSSP  hhhhhllllleeeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ---llhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeEELL-------------------------
Query ---pspdvhgykssemlynwvakdveppkftEVTD-------------------------  284
ident                                   |                         
Sbjct ktqfmgpegvgnaslsniagdaaegmlvtmpKRYDqdpanqgivdalkadkkdpsgpyvw  278
DSSP  lleeeelhhhlllhhhhhhhhhhllleeeelLLHHhlhhhhhhhhhhhhlllllllhhhh


DSSP  -------------------------------------leeEELL--lHHHH--------h
Query -------------------------------------vvlITRD--nFKEE--------l  297
ident                                                 |           
Sbjct ityaavqslatalertgsdeplalvkdlkangantvigplNWDEkgdLKGFdfgvfqwha  338
DSSP  hhhhhhhhhllllhhhllllhhhhhhhhhhlleeelleeeEELLlllEELLlleeeeell


DSSP  hhllllll
Query ekkglggk  305
ident         
Sbjct dgsstkak  346
DSSP  llleeell


No 4: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=3.3

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DSSP  ---LEEEeeeellLLLHhhHHHHHHHHHHHHHHL----------------eeeeeeELLL
Query ---NLKLgflvkqPEEPwfQTEWKFADKAGKDLG----------------fevikiAVPD   41
ident                                                           | 
Sbjct ddiKVAV--vgamSGPI--AQWGIMEFNGAEQAIkdinakggikgdklvgveyddaCDPK   56
DSSP  leeEEEE--eellLLLL--HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhllllllleeeeeeeellLLHH


DSSP  ----------------------hHHHHHHHHHHH-HLLLLEEEEELllhhhHHHHHHHhH
Query ----------------------gEKTLNAIDSLA-ASGAKGFVICTpdpklGSAIVAKaR   78
ident                          |  | |              |              
Sbjct qavavankivndgikyvighlcsSSTQPASDIYEdEGILMISPGAT-----APELTQR-G  110
DSSP  hhhhhhhhhhllllleeeelllhHHHHHHHHHHHhLLLEEEELLLL-----LLLLLLL-L


DSSP  HLLLEEEEelLLLL-----------------------lLLLL------------------
Query GYDMKVIAvdDQFV-----------------------nAKGK------------------   97
ident        |                                                    
Sbjct YQHIMRTA-gLDSSqgptaakyiletvkpqriaiihdkQQYGeglarsvqdglkaananv  169
DSSP  LLLEEELL-lLHHHhhhhhhhhhhhlllllleeeeellLHHHhhhhhhhhhhhhllllle


DSSP  ------------------------------------------------------------
Query ------------------------------------------------------------   97
ident                                                             
Sbjct vffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvglktqfmgpegvg  229
DSSP  eeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhllllleeeelhhhl


DSSP  -----------lllllleeEElhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeeeellllhh
Query -----------pmdtvplvMLaatkigerqgqelykemqkrgwdvkesavmaitaneldt  146
ident                                                             
Sbjct naslsniagdaaegmlvtmPK---------------------------------------  250
DSSP  llhhhhhhhhhhllleeeeLL---------------------------------------


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeelllllhhhhhhhhhhhhllllllleeeeelllhh
Query arrrttgsmdalkaagfpekqiyqvptksndipgafdaansmlvqhpevkhwlivgmnds  206
ident                                                             
Sbjct ------------------------------------------------------------  250
DSSP  ------------------------------------------------------------


DSSP  hhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllleeeeeelLH-----------
Query tvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgfygsllpSP-----------  255
ident                                                             
Sbjct -----------------------------------------------RYdqdpanqgivd  263
DSSP  -----------------------------------------------LHhhlhhhhhhhh


DSSP  ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHL--------------------LLLL---------
Query ---------DVHGYKSSEMLYNWVAKD--------------------VEPP---------  277
ident                         |                                   
Sbjct alkadkkdpSGPYVWITYAAVQSLATAlertgsdeplalvkdlkangANTVigplnwdek  323
DSSP  hhhhlllllLLHHHHHHHHHHHHHLLLlhhhllllhhhhhhhhhhllEEELleeeeelll


DSSP  ----LEEEELLleeeelllhhhhhhhllllll
Query ----KFTEVTDvvlitrdnfkeelekkglggk  305
ident      |                          
Sbjct gdlkGFDFGVF---------qwhadgsstkak  346
DSSP  lleeLLLLEEE---------eellllleeell


No 5: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=2.7

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DSSP  lEEEEEEE-------llllLHHH-HHHHHHHHHHHHHHL---EEEEEEelllhhhhhhhh
Query nLKLGFLV-------kqpeEPWF-QTEWKFADKAGKDLG---FEVIKIavpdgektlnai   49
ident        |                              |                     
Sbjct -DDIKVAVvgamsgpiaqwGIMEfNGAEQAIKDINAKGGikgDKLVGV------------   47
DSSP  -LEEEEEEeellllllhhhHHHHhHHHHHHHHHHHHLLLlllLEEEEE------------


DSSP  hhhhhlllleeeeELLL-------HHHHHHHHHHHhhllleEEEELL--llllllllLLL
Query dslaasgakgfviCTPD-------PKLGSAIVAKArgydmkVIAVDD--qfvnakgkPMD  100
ident                 |             ||                            
Sbjct -------------EYDDacdpkqaVAVANKIVNDG-----iKYVIGHlcssstqpasDIY   89
DSSP  -------------EEELlllhhhhHHHHHHHHLLL-----lLEEEELllhhhhhhhhHHH


DSSP  L---LLEEE------------------------------elhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query T---VPLVM------------------------------laatkigerqgqelykemqkr  127
ident                                                             
Sbjct EdegILMISpgatapeltqrgyqhimrtagldssqgptaakyiletvkpqriaiihdkqq  149
DSSP  HhllLEEEEllllllllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeelllh


DSSP  lllhhheeeeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeelllllhhhhhhhhhh
Query gwdvkesavmaitaneldtarrrttgsmdalkaagfpekqiyqvptksndipgafdaans  187
ident                                                             
Sbjct ygeglarsvqdglkaananvvffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqm  209
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhh


DSSP  hhllllllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllle
Query mlvqhpevkhwlivgmndstvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgf  247
ident                                                             
Sbjct lrqarsvglktqfmgpegvgnaslsniagdaaegmlvtmpkrydqdpanqgivdalkadk  269
DSSP  hhhhhhllllleeeelhhhlllhhhhhhhhhhllleeeelllhhhlhhhhhhhhhhhhll


DSSP  eeeeelLHHHHHHHHHHHHH-HHHHHL----LLLL--------------leeeellleee
Query ygsllpSPDVHGYKSSEMLY-NWVAKD----VEPP--------------kftevtdvvli  288
ident                                                             
Sbjct kdpsgpYVWITYAAVQSLATaLERTGSdeplALVKdlkangantvigplnwdekgdlkgf  329
DSSP  lllllhHHHHHHHHHHHHLLlLHHHLLllhhHHHHhhhhlleeelleeeeellllleell


DSSP  elllhhhhhhhllllll
Query trdnfkeelekkglggk  305
ident                  
Sbjct dfgvfqwhadgsstkak  346
DSSP  lleeeeellllleeell


No 6: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=0.4

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DSSP  --------leeeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeeelllhhhhhhhhhhh
Query --------nlklgflvkqpeepwfqtewkfadkagkdlgfevikiavpdgektlnaidsl   52
ident                                                             
Sbjct ddikvavvgamsgpiaqwgimefngaeqaikdinakggikgdklvgveyddacdpkqava   60
DSSP  leeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeellllhhhhhh


DSSP  hhlllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllleeeelhhhh
Query aasgakgfvictpdpklgsaivakargydmkviavddqfvnakgkpmdtvplvmlaatki  112
ident                                                             
Sbjct vankivndgikyvighlcssstqpasdiyedegilmispgatapeltqrgyqhimrtagl  120
DSSP  hhhhhhllllleeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeellllllllllllllleeellll


DSSP  hHHHHHHHHHHHHHHLLLHHheeeeEEELlllhhhHHHHHHHHHHHHHHLL----lHHHE
Query gERQGQELYKEMQKRGWDVKesavmAITAneldtaRRRTTGSMDALKAAGF----pEKQI  168
ident    ||    |                              |                   
Sbjct dSSQGPTAAKYILETVKPQR--iaiIHDK------QQYGEGLARSVQDGLKaananVVFF  172
DSSP  hHHHHHHHHHHHHHLLLLLL--eeeEELL------LHHHHHHHHHHHHHHHlllllEEEE


DSSP  EEEELLL-------------------------------------llhhhhhhhhhhhhll
Query YQVPTKS-------------------------------------ndipgafdaansmlvq  191
ident                                                             
Sbjct DGITAGEkdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvglktqfmgpegvgnas  232
DSSP  EELLLLLlllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhllllleeeelhhhlllh


DSSP  llllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllleeeee
Query hpevkhwlivgmndstvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgfygsl  251
ident                                                             
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