Select neighbours (check boxes) for viewing as multiple structural alignment or 3D superimposition.
The list of neighbours is sorted by Z-score. Similarities with a Z-score lower than 2 are spurious.
Each neighbour has links to pairwise structural alignment with the query structure,
and to the PDB format coordinate file where the neighbour
is superimposed onto the query structure.
Expand gaps
Summary
No: Chain Z rmsd lali nres %id PDB Description
1: mol2 13.3 6.0 247 346 12 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
2: mol2 7.1 7.9 139 346 7 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
3: mol2 6.1 3.3 118 346 14 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
4: mol2 3.3 4.5 106 346 8 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
5: mol2 2.7 3.2 86 346 6 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
6: mol2 0.4 2.6 50 346 8 PDB LEUCINE-BINDING PROTEIN (/LBP$)
Pairwise Structural Alignments
Notation: three-state secondary structure definitions by DSSP (reduced to H=helix, E=sheet, L=coil) are shown above the amino acid sequence. Structurally equivalent residues are in uppercase, structurally non-equivalent residues (e.g. in loops) are in lowercase. Amino acid identities are marked by vertical bars.
No 1: Query=mol1 Sbjct=mol2 Z-score=13.3
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DSSP -LEEEEEEEL----LLLLhhHHHHHHHHHHHHHHHL---------EEEEEEELL-LHHHH Query -NLKLGFLVK----QPEEpwFQTEWKFADKAGKDLG---------FEVIKIAVP-DGEKT 45 ident | | | | || | Sbjct dDIKVAVVGAmsgpIAQW--GIMEFNGAEQAIKDINakggikgdkLVGVEYDDAcDPKQA 58 DSSP lEEEEEEEELllllLHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHhllllllleEEEEEEELLlLHHHH DSSP HHHHHHHHHLLLLEEEE-ELLLhhHHHHHHHHHHHLLLEEEEELLLLLlllllLLLL--- Query LNAIDSLAASGAKGFVI-CTPDpkLGSAIVAKARGYDMKVIAVDDQFVnakgkPMDT--- 101 ident | | | Sbjct VAVANKIVNDGIKYVIGhLCSS--STQPASDIYEDEGILMISPGATAP-----ELTQrgy 111 DSSP HHHHHHHHLLLLLEEEElLLHH--HHHHHHHHHHHLLLEEEELLLLLL-----LLLLlll DSSP --LLEEEELHHHHHHHHHHHHHHHHHhhlllhhhEEEEEEELLllHHHHHHHHHHHHHHH Query --VPLVMLAATKIGERQGQELYKEMQkrgwdvkeSAVMAITANelDTARRRTTGSMDALK 159 ident | | | || Sbjct qhIMRTAGLDSSQGPTAAKYILETVK-------pQRIAIIHDK-qQYGEGLARSVQDGLK 163 DSSP llEEELLLLHHHHHHHHHHHHHHLLL-------lLLEEEEELL-lHHHHHHHHHHHHHHH DSSP HHLLLhhHEEEEELLLllhhhhhhhHHHHHLL-LLLLlEEEEELL-lhhhhhHHHHHHHH Query AAGFPekQIYQVPTKSndipgafdaANSMLVQ-HPEVkHWLIVGM-ndstvlGGVRATEG 217 ident || | | Sbjct AANAN--VVFFDGITA-----gekdFSALIARlKKEN-IDFVYYGgyypemgQMLRQARS 215 DSSP LLLLL--EEEEEELLL-----llllLHHHHHHhHHLL-LLEEEEEllhhhhhHHHHHHHH DSSP LLLlhhHEEEEEELlhhHHHHHLL---llLLLEeEEEEL--------------------- Query QGFkaaDIIGIGINgvdAVSELSK---aqATGFyGSLLP--------------------- 253 ident | | || | | | Sbjct VGL---KTQFMGPE-gvGNASLSNiagdaAEGM-LVTMPkrydqdpanqgivdalkadkk 270 DSSP LLL---LLEEEELH-hhLLLHHHHhhhhhHLLL-EEEELllhhhlhhhhhhhhhhhhlll DSSP ----LHHHHHHHHHHHHHHHHHHL---------LLLL----------------LEEEELL Query ----SPDVHGYKSSEMLYNWVAKD---------VEPP----------------KFTEVTD 284 ident | | | Sbjct dpsgPYVWITYAAVQSLATALERTgsdeplalvKDLKangantvigplnwdekGDLKGFD 330 DSSP llllHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHllllhhhhhHHHHhlleeelleeeeelllLLEELLL DSSP LEEEE-----LLLHhhhhhhllllll Query VVLIT-----RDNFkeelekkglggk 305 ident Sbjct FGVFQwhadgSSTK----------ak 346 DSSP LEEEEellllLEEE----------ll
DSSP ------------------------------------------------------------ Query ------------------------------------------------------------ 0 ident Sbjct ddikvavvgamsgpiaqwgimefngaeqaikdinakggikgdklvgveyddacdpkqava 60 DSSP leeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeellllhhhhhh DSSP ------------------------------------------------------------ Query ------------------------------------------------------------ 0 ident Sbjct vankivndgikyvighlcssstqpasdiyedegilmispgatapeltqrgyqhimrtagl 120 DSSP hhhhhhllllleeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeellllllllllllllleeellll DSSP -----------------lEEEEEEELLLllHHHHHHHHHHHHHHHHHLEEE-EEEELL-- Query -----------------nLKLGFLVKQPeePWFQTEWKFADKAGKDLGFEV-IKIAVP-- 40 ident | | Sbjct dssqgptaakyiletvkpQRIAIIHDKQ--QYGEGLARSVQDGLKAANANVvFFDGITag 178 DSSP hhhhhhhhhhhhhhllllLLEEEEELLL--HHHHHHHHHHHHHHHLLLLLEeEEEELLll DSSP LHHHhHHHHHHHHHLLLLEEEEELllHHHHHHHHHHHH--HLLLEEEEELLL---lLLLL Query DGEKtLNAIDSLAASGAKGFVICTpdPKLGSAIVAKAR--GYDMKVIAVDDQ---fVNAK 95 ident | | || | Sbjct EKDF-SALIARLKKENIDFVYYGG-yYPEMGQMLRQARsvGLKTQFMGPEGVgnasLSNI 236 DSSP LLLL-HHHHHHHHHLLLLEEEEEL-lHHHHHHHHHHHHhlLLLLEEEELHHHlllhHHHH DSSP -lllLLLLLEEEElhhhhhhhHHHHHHhhhhhhlllhhheeeeeeellllhhhhhhhhhh Query -gkpMDTVPLVMLaatkigerQGQELYkemqkrgwdvkesavmaitaneldtarrrttgs 154 ident | | Sbjct agdaAEGMLVTMP----krydQDPANQ--------------------------------- 259 DSSP hhhhHLLLEEEEL----llhhHLHHHH--------------------------------- DSSP hhhhhhhllLHHHEeeeelllllhhhhhhhhhhhhllllllleeeeelLLHHHHHHHHHH Query mdalkaagfPEKQIyqvptksndipgafdaansmlvqhpevkhwlivgMNDSTVLGGVRA 214 ident Sbjct ---givdalKADKK--------------------------------dpSGPYVWITYAAV 284 DSSP ---hhhhhhHHLLL--------------------------------llLLHHHHHHHHHH DSSP HHHLLL------------------lhhHEEEeeellhhhhhhhLLLLLlleeeeeellhh Query TEGQGF------------------kaaDIIGigingvdavselSKAQAtgfygsllpspd 256 ident | Sbjct QSLATAlertgsdeplalvkdlkangaNTVI------gplnwdEKGDL------------ 326 DSSP HHHLLLlhhhllllhhhhhhhhhhlleEELL------eeeeelLLLLE------------ DSSP hhhhhhhhhhhhhhhhlllLLLEeeellleeeelllhhhhhhhllllll Query vhgykssemlynwvakdvePPKFtevtdvvlitrdnfkeelekkglggk 305 ident Sbjct -------------kgfdfgVFQW----------------hadgsstkak 346 DSSP -------------elllleEEEE----------------llllleeell
DSSP leeeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllee Query nlklgflvkqpeepwfqtewkfadkagkdlgfevikiavpdgektlnaidslaasgakgf 60 ident Sbjct ------------------------------------------------------------ 0 DSSP ------------------------------------------------------------ DSSP eeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllleeeelhhhhhhhhhhhh Query victpdpklgsaivakargydmkviavddqfvnakgkpmdtvplvmlaatkigerqgqel 120 ident Sbjct ------------------------------------------------------------ 0 DSSP ------------------------------------------------------------ DSSP hhhhhhhlllhHHEEEEEEELLL---LHHHHHHHHHHHHHHHHHL------llhHHEEEE Query ykemqkrgwdvKESAVMAITANE---LDTARRRTTGSMDALKAAG------fpeKQIYQV 171 ident | | | | | Sbjct -----------DDIKVAVVGAMSgpiAQWGIMEFNGAEQAIKDINakggikgdkLVGVEY 49 DSSP -----------LEEEEEEEELLLlllHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhllllllleEEEEEE DSSP ELlLLLHHHHHHHHHHHHLLLllllEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHLLLlhhhEEEEEEL Query PTkSNDIPGAFDAANSMLVQHpevkHWLIVGMNDSTVLGGVRATEGQGFkaadIIGIGIN 231 ident | | || | | | | Sbjct DD-ACDPKQAVAVANKIVNDG---iKYVIGHLCSSSTQPASDIYEDEGI----LMISPGA 101 DSSP EL-LLLHHHHHHHHHHHHLLL---lLEEEELLLHHHHHHHHHHHHHLLL----EEEELLL DSSP lhHHHHHHLLlLLLLEEEEEE--------------------------------------- Query gvDAVSELSKaQATGFYGSLL--------------------------------------- 252 ident | Sbjct --TAPELTQR-GYQHIMRTAGldssqgptaakyiletvkpqriaiihdkqqygeglarsv 158 DSSP --LLLLLLLL-LLLLEEELLLlhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeelllhhhhhhhhhh DSSP ------------------------------------------------------------ Query ------------------------------------------------------------ 252 ident Sbjct qdglkaananvvffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvgl 218 DSSP hhhhhllllleeeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhlll DSSP ---llhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeEELL------------------------- Query ---pspdvhgykssemlynwvakdveppkftEVTD------------------------- 284 ident | Sbjct ktqfmgpegvgnaslsniagdaaegmlvtmpKRYDqdpanqgivdalkadkkdpsgpyvw 278 DSSP lleeeelhhhlllhhhhhhhhhhllleeeelLLHHhlhhhhhhhhhhhhlllllllhhhh DSSP -------------------------------------leeEELL--lHHHH--------h Query -------------------------------------vvlITRD--nFKEE--------l 297 ident | Sbjct ityaavqslatalertgsdeplalvkdlkangantvigplNWDEkgdLKGFdfgvfqwha 338 DSSP hhhhhhhhhllllhhhllllhhhhhhhhhhlleeelleeeEELLlllEELLlleeeeell DSSP hhllllll Query ekkglggk 305 ident Sbjct dgsstkak 346 DSSP llleeell
DSSP ---LEEEeeeellLLLHhhHHHHHHHHHHHHHHL----------------eeeeeeELLL Query ---NLKLgflvkqPEEPwfQTEWKFADKAGKDLG----------------fevikiAVPD 41 ident | Sbjct ddiKVAV--vgamSGPI--AQWGIMEFNGAEQAIkdinakggikgdklvgveyddaCDPK 56 DSSP leeEEEE--eellLLLL--HHHHHHHHHHHHHHHhhhhhllllllleeeeeeeellLLHH DSSP ----------------------hHHHHHHHHHHH-HLLLLEEEEELllhhhHHHHHHHhH Query ----------------------gEKTLNAIDSLA-ASGAKGFVICTpdpklGSAIVAKaR 78 ident | | | | Sbjct qavavankivndgikyvighlcsSSTQPASDIYEdEGILMISPGAT-----APELTQR-G 110 DSSP hhhhhhhhhhllllleeeelllhHHHHHHHHHHHhLLLEEEELLLL-----LLLLLLL-L DSSP HLLLEEEEelLLLL-----------------------lLLLL------------------ Query GYDMKVIAvdDQFV-----------------------nAKGK------------------ 97 ident | Sbjct YQHIMRTA-gLDSSqgptaakyiletvkpqriaiihdkQQYGeglarsvqdglkaananv 169 DSSP LLLEEELL-lLHHHhhhhhhhhhhhlllllleeeeellLHHHhhhhhhhhhhhhllllle DSSP ------------------------------------------------------------ Query ------------------------------------------------------------ 97 ident Sbjct vffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvglktqfmgpegvg 229 DSSP eeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhllllleeeelhhhl DSSP -----------lllllleeEElhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeeeellllhh Query -----------pmdtvplvMLaatkigerqgqelykemqkrgwdvkesavmaitaneldt 146 ident Sbjct naslsniagdaaegmlvtmPK--------------------------------------- 250 DSSP llhhhhhhhhhhllleeeeLL--------------------------------------- DSSP hhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeelllllhhhhhhhhhhhhllllllleeeeelllhh Query arrrttgsmdalkaagfpekqiyqvptksndipgafdaansmlvqhpevkhwlivgmnds 206 ident Sbjct ------------------------------------------------------------ 250 DSSP ------------------------------------------------------------ DSSP hhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllleeeeeelLH----------- Query tvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgfygsllpSP----------- 255 ident Sbjct -----------------------------------------------RYdqdpanqgivd 263 DSSP -----------------------------------------------LHhhlhhhhhhhh DSSP ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHL--------------------LLLL--------- Query ---------DVHGYKSSEMLYNWVAKD--------------------VEPP--------- 277 ident | Sbjct alkadkkdpSGPYVWITYAAVQSLATAlertgsdeplalvkdlkangANTVigplnwdek 323 DSSP hhhhlllllLLHHHHHHHHHHHHHLLLlhhhllllhhhhhhhhhhllEEELleeeeelll DSSP ----LEEEELLleeeelllhhhhhhhllllll Query ----KFTEVTDvvlitrdnfkeelekkglggk 305 ident | Sbjct gdlkGFDFGVF---------qwhadgsstkak 346 DSSP lleeLLLLEEE---------eellllleeell
DSSP lEEEEEEE-------llllLHHH-HHHHHHHHHHHHHHL---EEEEEEelllhhhhhhhh Query nLKLGFLV-------kqpeEPWF-QTEWKFADKAGKDLG---FEVIKIavpdgektlnai 49 ident | | Sbjct -DDIKVAVvgamsgpiaqwGIMEfNGAEQAIKDINAKGGikgDKLVGV------------ 47 DSSP -LEEEEEEeellllllhhhHHHHhHHHHHHHHHHHHLLLlllLEEEEE------------ DSSP hhhhhlllleeeeELLL-------HHHHHHHHHHHhhllleEEEELL--llllllllLLL Query dslaasgakgfviCTPD-------PKLGSAIVAKArgydmkVIAVDD--qfvnakgkPMD 100 ident | || Sbjct -------------EYDDacdpkqaVAVANKIVNDG-----iKYVIGHlcssstqpasDIY 89 DSSP -------------EEELlllhhhhHHHHHHHHLLL-----lLEEEELllhhhhhhhhHHH DSSP L---LLEEE------------------------------elhhhhhhhhhhhhhhhhhhh Query T---VPLVM------------------------------laatkigerqgqelykemqkr 127 ident Sbjct EdegILMISpgatapeltqrgyqhimrtagldssqgptaakyiletvkpqriaiihdkqq 149 DSSP HhllLEEEEllllllllllllllleeellllhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeelllh DSSP lllhhheeeeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhheeeeelllllhhhhhhhhhh Query gwdvkesavmaitaneldtarrrttgsmdalkaagfpekqiyqvptksndipgafdaans 187 ident Sbjct ygeglarsvqdglkaananvvffdgitagekdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqm 209 DSSP hhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeellllllllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhh DSSP hhllllllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllle Query mlvqhpevkhwlivgmndstvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgf 247 ident Sbjct lrqarsvglktqfmgpegvgnaslsniagdaaegmlvtmpkrydqdpanqgivdalkadk 269 DSSP hhhhhhllllleeeelhhhlllhhhhhhhhhhllleeeelllhhhlhhhhhhhhhhhhll DSSP eeeeelLHHHHHHHHHHHHH-HHHHHL----LLLL--------------leeeellleee Query ygsllpSPDVHGYKSSEMLY-NWVAKD----VEPP--------------kftevtdvvli 288 ident Sbjct kdpsgpYVWITYAAVQSLATaLERTGSdeplALVKdlkangantvigplnwdekgdlkgf 329 DSSP lllllhHHHHHHHHHHHHLLlLHHHLLllhhHHHHhhhhlleeelleeeeellllleell DSSP elllhhhhhhhllllll Query trdnfkeelekkglggk 305 ident Sbjct dfgvfqwhadgsstkak 346 DSSP lleeeeellllleeell
DSSP --------leeeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeeelllhhhhhhhhhhh Query --------nlklgflvkqpeepwfqtewkfadkagkdlgfevikiavpdgektlnaidsl 52 ident Sbjct ddikvavvgamsgpiaqwgimefngaeqaikdinakggikgdklvgveyddacdpkqava 60 DSSP leeeeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeeeeeeellllhhhhhh DSSP hhlllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeeelllllllllllllllleeeelhhhh Query aasgakgfvictpdpklgsaivakargydmkviavddqfvnakgkpmdtvplvmlaatki 112 ident Sbjct vankivndgikyvighlcssstqpasdiyedegilmispgatapeltqrgyqhimrtagl 120 DSSP hhhhhhllllleeeelllhhhhhhhhhhhhhllleeeellllllllllllllleeellll DSSP hHHHHHHHHHHHHHHLLLHHheeeeEEELlllhhhHHHHHHHHHHHHHHLL----lHHHE Query gERQGQELYKEMQKRGWDVKesavmAITAneldtaRRRTTGSMDALKAAGF----pEKQI 168 ident || | | Sbjct dSSQGPTAAKYILETVKPQR--iaiIHDK------QQYGEGLARSVQDGLKaananVVFF 172 DSSP hHHHHHHHHHHHHHLLLLLL--eeeEELL------LHHHHHHHHHHHHHHHlllllEEEE DSSP EEEELLL-------------------------------------llhhhhhhhhhhhhll Query YQVPTKS-------------------------------------ndipgafdaansmlvq 191 ident Sbjct DGITAGEkdfsaliarlkkenidfvyyggyypemgqmlrqarsvglktqfmgpegvgnas 232 DSSP EELLLLLlllhhhhhhhhhlllleeeeellhhhhhhhhhhhhhllllleeeelhhhlllh DSSP llllleeeeelllhhhhhhhhhhhhhllllhhheeeeeellhhhhhhhllllllleeeee Query hpevkhwlivgmndstvlggvrategqgfkaadiigigingvdavselskaqatgfygsl 251 ident Sbjct lsniagdaaegmlvtmpkrydqdpanqgivdalkadkkdpsgpyvwityaavqslatale 292 DSSP hhhhhhhhhllleeeelllhhhlhhhhhhhhhhhhlllllllhhhhhhhhhhhhhllllh DSSP ellhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeellleeeelllhhhhhhhllllll Query lpspdvhgykssemlynwvakdveppkftevtdvvlitrdnfkeelekkglggk 305 ident Sbjct rtgsdeplalvkdlkangantvigplnwdekgdlkgfdfgvfqwhadgsstkak 346 DSSP hhllllhhhhhhhhhhlleeelleeeeellllleelllleeeeellllleeell